Laflora refleja asimismo la diversidad de regiones y subregiones del territorio paraguayo. En el caso del Chaco, predominan una vegetación espinosa semi-árida en el oeste, bosques sub-húmedos en el nordeste, y sabanas con ciertas especies como el caranda’y, en el sureste. En la Región Oriental se aprecia una vegetación diferente en su mayor parte, con bosques húmedos, campos cerrados y sabanas profusamente regadas por una nutrida red de ríos y arroyos. Los grandes bosques del Alto Paraná integran el gran complejo del Bosque Atlántico, uno de los 200 ecosistemas más importantes del planeta, que abarca también zonas de Brasil y Argentina.
Entre las numerosas especies vegetales originarias del Paraguay están los conocidos árboles como el tajy o lapacho, el curyupa’y, el yvyrayú, el palo santo, la carova, el yvyra pytá, el yvyraró, el urunde’y y el tataré. Entre los que aportan sabrosos frutos están el pindó, el mbocayá o coco, el arazá o guayabo, el araticú, el aguaí, el ñandypá, el ñangapiry, el yvapurú, el yvapovó, el guavirá, el guaviyú, el yatayvá, el ingá, el pacurí y el yacarati’á. La emblemática yerba mate, así como el ka’a he’e, la yerba dulce del Paraguay, no se pueden olvidar en esta lista, y tampoco algunas hierbas medicinales como el kapi’i katí, el kapi’iky, la santa lucía morotí, el yate’i ka’a, el cedrón Paraguay, el yaguareté ka’a y el yaguarundí.
El Paraguay tiene unas 40 Areas Silvestres Protegidas, la mayor de las cuales es el Parque Nacional Defensores del Chaco, ubicado al norte de la Región Occidental, de 780.000 hectáreas. En esta región se encuentran otros parques de importantes dimensiones como el del Cerro Guaraní Timané, el de Laguna Inmakata y el Parque Nacional Río Negro. Entre las reservas más importantes de la Región Oriental se puede mencionar el del Bosque Mbaracayú.
